Území obce Nedakonice se nachází v údolí řeky Moravy, na jeho pravém břehu. Významným přítokem Moravy na teritoriu obce je Dlouhá řeka. Koryto řeky Moravy je zregulované, v trase původního meandrujícího koryta jsou nyní odstavená ramena. Nad obcí se nachází rozsáhlá lužní oblast Kunovský les.
Průměrné úhrny srážek v jednotlivých měsících v mm za období 1961 - 1990:
pro Nedakonice:
I II III IV V VI VII VIII IX X XI XII rok
28 28 27 38 61 78 63 57 42 35 43 34 534
Průměrný počet dnů s bouřkou za rok v Nedakonicích: 29
Z hlediska protipovodňových opatření (PPO) je na k.ú. Nedakonice plánováno vybudovat hráz podél toků Moravy a Dlouhé řeky viz grafická část tohoto PP - Mapa protipovodňových opatření.